MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 plasmid pSLT

Total Repeats: 1588

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003277	CAG	2	6	121	126	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233404
2	NC_003277	CCA	2	6	221	226	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	17233404
3	NC_003277	GC	3	6	239	244	0 %	0 %	50 %	50 %	17233404
4	NC_003277	AGT	2	6	262	267	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	17233404
5	NC_003277	GCG	2	6	268	273	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	17233404
6	NC_003277	GCC	3	9	274	282	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	17233404
7	NC_003277	CTG	2	6	722	727	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	17233405
8	NC_003277	CCGT	2	8	752	759	0 %	25 %	25 %	50 %	17233405
9	NC_003277	AGC	2	6	791	796	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233405
10	NC_003277	ATA	2	6	827	832	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	17233405
11	NC_003277	TGGC	2	8	869	876	0 %	25 %	50 %	25 %	17233405
12	NC_003277	TTA	2	6	881	886	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	17233405
13	NC_003277	G	10	10	914	923	0 %	0 %	100 %	0 %	17233405
14	NC_003277	ACTGG	2	10	924	933	20 %	20 %	40 %	20 %	17233405
15	NC_003277	CAG	2	6	963	968	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233405
16	NC_003277	CTG	2	6	982	987	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	17233405
17	NC_003277	GT	3	6	1019	1024	0 %	50 %	50 %	0 %	17233405
18	NC_003277	TTC	2	6	1031	1036	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	17233405
19	NC_003277	ATT	2	6	1088	1093	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	17233405
20	NC_003277	GCA	2	6	1099	1104	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233405
21	NC_003277	GTC	2	6	1131	1136	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	17233405
22	NC_003277	GAG	2	6	1343	1348	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	17233406
23	NC_003277	GAA	2	6	1432	1437	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	17233406
24	NC_003277	A	6	6	1456	1461	100 %	0 %	0 %	0 %	17233406
25	NC_003277	GAC	2	6	1462	1467	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233406
26	NC_003277	ACAT	2	8	1497	1504	50 %	25 %	0 %	25 %	17233406
27	NC_003277	AAAG	2	8	1505	1512	75 %	0 %	25 %	0 %	17233406
28	NC_003277	GCA	2	6	1516	1521	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233406
29	NC_003277	ACT	2	6	1541	1546	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233406
30	NC_003277	CTA	2	6	1565	1570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233406
31	NC_003277	TCT	2	6	1761	1766	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	17233407
32	NC_003277	CCA	2	6	1817	1822	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	17233407
33	NC_003277	GCAG	2	8	1910	1917	25 %	0 %	50 %	25 %	17233408
34	NC_003277	TGAC	2	8	1921	1928	25 %	25 %	25 %	25 %	17233408
35	NC_003277	AATCCG	2	12	1965	1976	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	228960845
36	NC_003277	GA	3	6	1988	1993	50 %	0 %	50 %	0 %	228960845
37	NC_003277	CGTT	3	12	2080	2091	0 %	50 %	25 %	25 %	228960845
38	NC_003277	GCC	2	6	2114	2119	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	228960845
39	NC_003277	TGC	2	6	2122	2127	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228960845
40	NC_003277	CGT	2	6	2130	2135	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228960845
41	NC_003277	GCT	2	6	2147	2152	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228960845
42	NC_003277	TACC	2	8	2315	2322	25 %	25 %	0 %	50 %	228960845
43	NC_003277	CCGA	2	8	2358	2365	25 %	0 %	25 %	50 %	228960845
44	NC_003277	GCC	2	6	2424	2429	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	228960845
45	NC_003277	CGC	2	6	2430	2435	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	228960845
46	NC_003277	CAG	2	6	2457	2462	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228960845
47	NC_003277	GATG	2	8	2492	2499	25 %	25 %	50 %	0 %	228960845
48	NC_003277	GCG	2	6	2591	2596	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	228960845
49	NC_003277	CAG	2	6	2640	2645	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228960845
50	NC_003277	CGG	2	6	2678	2683	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	228960845
51	NC_003277	GCG	2	6	2711	2716	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	228960845
52	NC_003277	ATG	3	9	2730	2738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228960845
53	NC_003277	AAAT	2	8	3988	3995	75 %	25 %	0 %	0 %	17233473
54	NC_003277	ACT	2	6	4066	4071	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233473
55	NC_003277	CCT	2	6	4107	4112	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	17233473
56	NC_003277	T	6	6	4135	4140	0 %	100 %	0 %	0 %	17233473
57	NC_003277	CAG	2	6	4153	4158	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233473
58	NC_003277	GT	3	6	4164	4169	0 %	50 %	50 %	0 %	17233473
59	NC_003277	T	6	6	4192	4197	0 %	100 %	0 %	0 %	17233473
60	NC_003277	CTGACA	2	12	4208	4219	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	17233473
61	NC_003277	TCAC	2	8	4256	4263	25 %	25 %	0 %	50 %	17233473
62	NC_003277	A	7	7	4331	4337	100 %	0 %	0 %	0 %	17233473
63	NC_003277	TC	3	6	4398	4403	0 %	50 %	0 %	50 %	17233473
64	NC_003277	ACGG	2	8	4443	4450	25 %	0 %	50 %	25 %	17233473
65	NC_003277	ACATCC	2	12	4520	4531	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	17233473
66	NC_003277	CAC	2	6	4570	4575	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	17233473
67	NC_003277	ATG	2	6	4576	4581	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	17233473
68	NC_003277	ACC	2	6	4584	4589	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	17233473
69	NC_003277	TCTG	2	8	4604	4611	0 %	50 %	25 %	25 %	17233473
70	NC_003277	TCC	2	6	4684	4689	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	17233473
71	NC_003277	A	7	7	4697	4703	100 %	0 %	0 %	0 %	17233473
72	NC_003277	ATT	2	6	4724	4729	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	17233473
73	NC_003277	ACCGGC	2	12	5202	5213	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	17233474
74	NC_003277	CAT	2	6	5288	5293	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233474
75	NC_003277	ACG	2	6	5357	5362	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233474
76	NC_003277	GCG	2	6	5375	5380	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	17233474
77	NC_003277	CAGC	2	8	5498	5505	25 %	0 %	25 %	50 %	17233474
78	NC_003277	CAG	3	9	5517	5525	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233474
79	NC_003277	T	7	7	5540	5546	0 %	100 %	0 %	0 %	17233474
80	NC_003277	TCC	2	6	5785	5790	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	17233475
81	NC_003277	ACCACG	2	12	5808	5819	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	17233475
82	NC_003277	TACA	2	8	5837	5844	50 %	25 %	0 %	25 %	17233475
83	NC_003277	GTT	2	6	5852	5857	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	17233475
84	NC_003277	GT	3	6	5912	5917	0 %	50 %	50 %	0 %	17233475
85	NC_003277	TCAC	2	8	5925	5932	25 %	25 %	0 %	50 %	17233475
86	NC_003277	T	6	6	5978	5983	0 %	100 %	0 %	0 %	17233475
87	NC_003277	CCA	2	6	5992	5997	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	17233475
88	NC_003277	TCCCCG	2	12	6011	6022	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	17233475
89	NC_003277	CGG	2	6	6089	6094	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	17233475
90	NC_003277	TGC	2	6	6106	6111	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	17233475
91	NC_003277	GTGG	2	8	6122	6129	0 %	25 %	75 %	0 %	17233475
92	NC_003277	CCGCTC	2	12	6137	6148	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	17233475
93	NC_003277	CCG	2	6	6171	6176	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	17233475
94	NC_003277	GCA	2	6	6226	6231	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233475
95	NC_003277	CCA	2	6	6253	6258	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	17233475
96	NC_003277	GAG	2	6	6261	6266	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	17233475
97	NC_003277	GGTC	2	8	6271	6278	0 %	25 %	50 %	25 %	17233475
98	NC_003277	CTG	2	6	6294	6299	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	17233475
99	NC_003277	GCC	2	6	6326	6331	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	17233475
100	NC_003277	GCCG	2	8	6419	6426	0 %	0 %	50 %	50 %	17233475
101	NC_003277	CAG	2	6	6446	6451	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233475
102	NC_003277	TGC	2	6	6452	6457	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	17233475
103	NC_003277	GTG	3	9	6486	6494	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	17233475
104	NC_003277	CAT	2	6	6533	6538	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233475
105	NC_003277	ATC	2	6	6667	6672	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233476
106	NC_003277	CAG	2	6	6695	6700	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233476
107	NC_003277	ACC	2	6	6708	6713	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	17233476
108	NC_003277	GCA	2	6	6714	6719	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233476
109	NC_003277	GGC	2	6	6758	6763	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	17233476
110	NC_003277	TTG	2	6	6765	6770	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	17233476
111	NC_003277	CCA	2	6	6847	6852	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	17233476
112	NC_003277	CGG	2	6	6862	6867	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	17233476
113	NC_003277	CGG	2	6	6927	6932	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	17233476
114	NC_003277	CCA	2	6	6961	6966	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	17233476
115	NC_003277	GCCG	2	8	6968	6975	0 %	0 %	50 %	50 %	17233476
116	NC_003277	GAA	2	6	6977	6982	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	17233476
117	NC_003277	TCA	2	6	7009	7014	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233476
118	NC_003277	CAG	2	6	7061	7066	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233476
119	NC_003277	GGGC	2	8	7157	7164	0 %	0 %	75 %	25 %	17233476
120	NC_003277	CCA	2	6	7183	7188	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	17233476
121	NC_003277	ACC	2	6	7203	7208	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	17233476
122	NC_003277	CAGC	2	8	7254	7261	25 %	0 %	25 %	50 %	17233476
123	NC_003277	A	6	6	7266	7271	100 %	0 %	0 %	0 %	17233476
124	NC_003277	ATA	2	6	7276	7281	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	17233476
125	NC_003277	CTT	2	6	7601	7606	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	17233477
126	NC_003277	TGAA	2	8	7611	7618	50 %	25 %	25 %	0 %	17233477
127	NC_003277	CAT	2	6	7682	7687	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233477
128	NC_003277	GCA	2	6	7759	7764	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233477
129	NC_003277	GCA	3	9	7787	7795	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233477
130	NC_003277	CCG	2	6	7828	7833	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	17233477
131	NC_003277	GCA	2	6	8016	8021	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233478
132	NC_003277	GC	3	6	8047	8052	0 %	0 %	50 %	50 %	17233478
133	NC_003277	AAT	2	6	8087	8092	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	17233478
134	NC_003277	TTA	2	6	8565	8570	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	17233479
135	NC_003277	AGT	2	6	8668	8673	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	17233479
136	NC_003277	CCT	2	6	8846	8851	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	17233479
137	NC_003277	GAA	2	6	8906	8911	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	17233479
138	NC_003277	TCA	2	6	8981	8986	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233479
139	NC_003277	TA	3	6	9058	9063	50 %	50 %	0 %	0 %	17233479
140	NC_003277	CAA	2	6	9075	9080	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	17233479
141	NC_003277	ACTG	2	8	9231	9238	25 %	25 %	25 %	25 %	17233479
142	NC_003277	GCT	2	6	9266	9271	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	17233479
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261	NC_003277	GAAT	2	8	17345	17352	50 %	25 %	25 %	0 %	17233485
262	NC_003277	TATCCA	2	12	17379	17390	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233485
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264	NC_003277	TTC	2	6	17455	17460	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	17233485
265	NC_003277	GGA	2	6	17599	17604	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	17233485
266	NC_003277	ACAA	2	8	17618	17625	75 %	0 %	0 %	25 %	17233485
267	NC_003277	T	6	6	17627	17632	0 %	100 %	0 %	0 %	17233412
268	NC_003277	TTGTCC	2	12	17642	17653	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	17233412
269	NC_003277	TTA	2	6	18145	18150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	17233486
270	NC_003277	CAG	2	6	18215	18220	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233486
271	NC_003277	TCT	2	6	18243	18248	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	17233486
272	NC_003277	GCT	2	6	18258	18263	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	17233486
273	NC_003277	TCTGTT	2	12	18366	18377	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	17233486
274	NC_003277	CATC	2	8	18409	18416	25 %	25 %	0 %	50 %	17233486
275	NC_003277	ATC	2	6	18986	18991	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233487
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277	NC_003277	TAA	2	6	19067	19072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	17233487
278	NC_003277	GTT	2	6	19099	19104	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	17233487
279	NC_003277	CCT	2	6	19159	19164	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	17233487
280	NC_003277	GA	3	6	19165	19170	50 %	0 %	50 %	0 %	17233487
281	NC_003277	TGC	3	9	19173	19181	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	17233487
282	NC_003277	CAT	2	6	19262	19267	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233487
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284	NC_003277	ACAGTG	2	12	20111	20122	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	17233413
285	NC_003277	GACAGC	2	12	20123	20134	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233413
286	NC_003277	GCT	2	6	20140	20145	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	17233413
287	NC_003277	ACG	2	6	20154	20159	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233413
288	NC_003277	CCG	2	6	20203	20208	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	17233413
289	NC_003277	GAA	2	6	20231	20236	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	17233413
290	NC_003277	GAC	2	6	20294	20299	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233413
291	NC_003277	CAT	2	6	20384	20389	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233414
292	NC_003277	CGG	2	6	20403	20408	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	17233414
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294	NC_003277	CTG	2	6	20502	20507	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	17233414
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296	NC_003277	AGT	2	6	20650	20655	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	17233415
297	NC_003277	TG	3	6	20671	20676	0 %	50 %	50 %	0 %	17233415
298	NC_003277	GGT	2	6	20799	20804	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	17233415
299	NC_003277	CGG	2	6	20862	20867	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	17233415
300	NC_003277	ACC	2	6	20902	20907	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	17233415
301	NC_003277	GAC	2	6	20987	20992	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233416
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341	NC_003277	CTG	2	6	22584	22589	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	17233418
342	NC_003277	GGC	2	6	22673	22678	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	17233418
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345	NC_003277	GAC	2	6	22722	22727	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233418
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363	NC_003277	GGCA	2	8	23446	23453	25 %	0 %	50 %	25 %	32441710
364	NC_003277	CAT	2	6	23473	23478	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32441710
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382	NC_003277	GATG	2	8	25897	25904	25 %	25 %	50 %	0 %	17233421
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389	NC_003277	CAGA	2	8	26119	26126	50 %	0 %	25 %	25 %	17233421
390	NC_003277	TCA	2	6	26280	26285	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233489
391	NC_003277	TGA	3	9	26309	26317	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	17233489
392	NC_003277	T	7	7	26324	26330	0 %	100 %	0 %	0 %	17233489
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394	NC_003277	ATT	2	6	26448	26453	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	17233489
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